食源性疾病可由生物、化学和物理危害引起。大多数食源性疾病都是由食用动物源性食物和水果蔬菜引起的。管理食源性疾病需要建立食品安全控制系统。在资源匮乏的国家，必须优先考虑食源性疾病的病因，以便更好地分配和利用资源。一个来自乳制品和园艺价值链的专家团队列出了乳制品和花园价值链中的主要食品安全隐患。采用了一种多标准方法来优先考虑食品安全危害以及食品损失和贸易的相关方面。微生物危害在两个价值链中都排名很高。这反映了商品在农业和收获后处理方面的不良做法。考虑到小农户生产在两个价值链中的主导地位，在有许多节点和参与者的价值链中，遵守良好的农业和卫生做法是一项挑战。这种情况可以通过能力建设和采用良好的农业和卫生做法、执行食品安全标准以及在价值链上提供适当的基础设施发展来解决。
