为了评估土壤的菌根多样性和鉴定真菌子实体，使用了许多技术。经典的真菌鉴定始于野外记录的收集和实验室处理，包括通过使用直接或间接的电镀方法从土壤、子实体和孢子中分离真菌培养物进行微生物筛选。丛枝菌根真菌（AMF）孢子的湿法筛选和倾析提取技术以及显微鉴定是其他重要技术。虽然描述了标本和培养物的工作，但值得注意的是，将分子方法直接应用于环境材料可以检测更多。然而，通常涉及不同的真菌分类群，例如农业土壤中的大型担子菌多样性。基于DNA的生物材料鉴定的进步和成本的降低大大改进了土壤生态学家可用的方法目录。用于真菌标本或培养物的真菌鉴定的现代分子方法是通过聚合酶链式反应（PCR）使核酸可用于扩增。商业化和国产化”；无提取”；许多生物有机体的方法是可用的；一种简单的方法是PEX提取。它涉及液体聚乙二醇200（PEG200）在细胞破坏和DNA稳定方面的独特活性。可以使用其他工具，如测序和编辑序列、克隆、数据库查询和比对，其中可以将多个序列BLAST在一起，也可以将查询序列与类似序列比对。系统发育定位是一种基于表型的距离方法，也用于简化真菌鉴定。