路径数据库收集定义生命过程的生物反应和分子相互作用。MetaCyc通路数据库家族由数千个数据库组成，这些数据库是通过MetaCyc途径/基因组数据库（PGDB）中代谢途径的计算推断得出的。在某些情况下，这些数据库随后进行了手动管理。大多数主要模式生物现在都可以使用固化途径数据库。MetaCyc家族中的数据库使用Pathway Tools软件进行管理。本章介绍了对MetaCyc通路数据库家族进行数据挖掘的方法。我们讨论了该族的主要数据访问机制，其中包括多种格式的数据文件；Lisp、Java和Perl语言的应用程序编程接口（API）；以及网络服务。我们概述了Pathway Tools模式，了解查询数据库所需的模式。本章还介绍了Pathway tools中用于执行组学数据分析的几个交互式数据挖掘工具。
