艾滋病毒感染和酗酒都会对大脑产生负面影响，其中一些是每种情况特有的，另一些是两种情况共同的。研究人员使用磁共振成像来研究酒精中毒、艾滋病毒感染或两者兼有的参与者以及健康对照受试者的各种大脑结构的大小和完整性。在这些研究中，酗酒者的大脑各区域（如胼胝体和额叶皮层）表现出脑脊液充盈的空间（即心室）增大以及组织萎缩，而无症状HIV感染的研究参与者几乎没有表现出异常。那些同时感染艾滋病毒和酗酒的人也有这些体积异常，特别是如果他们经历了艾滋病定义事件。扩散张量成像测量白质纤维的完整性，在这两种疾病中都发现了这些纤维成分的异常。同样，艾滋病毒感染加上酗酒的人表现出最大的异常，尤其是那些有艾滋病定义事件史的人。磁共振波谱法评估了大脑代谢产物和选择性神经递质的水平，揭示了单独受影响的个体大脑完整性的生化标志物的不同缺陷模式，以及艾滋病毒感染和酗酒的个体的综合影响模式。最后，神经心理学研究揭示了工作记忆、视觉空间能力和运动速度等选择性功能的损害，这些损害尤其可能发生在合并感染艾滋病毒和酗酒的人身上。因此，酒精中毒是HIV感染者发展神经病理学及其功能后遗症的主要危险因素。