MetaCyc(MetaCyc.org)是一个关于生命各个领域代谢途径和酶的综合参考数据库。它包含来自6万多篇出版物的2749种途径,使其成为最大的代谢途径精选集。MetaCyc中的数据以证据为基础,经过丰富的整理,形成了一个百科全书式的代谢参考工具。MetaCyc还被用作生成数千个生物体特异性通路/基因组数据库(PGDB)的知识库,这些数据库可在BioCyc.org和其他基因组门户网站上获得。本文提供了2017年9月至2019年8月MetaCyc版本23.1的最新进展。在此期间,一些受到密切关注的主题包括钴酰胺生物合成、甾醇代谢、脂肪酸生物合成、脂质代谢、类胡萝卜素代谢、蛋白质糖基化、抗生素和细胞毒素生物合成、铁载体生物合成、生物发光、维生素K代谢、溴化化合物代谢、植物次生代谢和人类代谢。其他添加内容包括对GlycanBuilder软件的修改,使其能够使用符号表示显示聚糖,改进网络显示的图形和字体,改进路径工具的Pathological组件,以及在路径图中可选添加监管信息。
Researchers from the Department of Atomically Resolved Dynamics of the Max Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter (MPSD) at the Center for Free-Electron Laser Science in Hamburg, the University of Potsdam (both in Germany) and the University of Toronto (Canada) have pieced together a detailed time-lapse movie revealing all the major steps during the catalytic cycle of an enzyme. Their findings have just been published in Science. Surprisingly, the communication between the protein units is accomplished via a water-network akin to a string telephone. This communication is aligned with a ‘breathing’ motion, that is the expansion and contraction of the protein. This time-lapse sequence of structures reveals dynamic motions as a fundamental element in the molecular foundations of biology.
Notch信号通路是一种高度保守的细胞-细胞通讯机制,控制身体组织的发育和功能。我们发现USP10酶是该途径的一种新的调节因子,其活性对新血管的生长特别重要。我们的研究揭示了对血管发育的分子基础的新见解,也可能与Notch信号通路发挥关键作用的其他生理和病理过程有关。
Notch信号通路是一种高度保守的细胞-细胞通讯机制,控制身体组织的发育和功能。我们发现USP10酶是该途径的一种新的调节因子,其活性对新血管的生长特别重要。我们的研究揭示了对血管发育的分子基础的新见解,也可能与Notch信号通路发挥关键作用的其他生理和病理过程有关。
MetaCyc(https://metacyc.org)是一个全面的参考数据库,涉及生命各个领域的代谢途径和酶。它包含来自54000多篇出版物的2570多种途径,是最大的代谢途径精选集。MetaCyc中的数据严格以证据为基础,经过丰富的整理,形成了一个百科全书式的代谢参考工具。MetaCyc还被用作生成数千个生物体特异性通路/基因组数据库(PGDB)的知识库,这些数据库可在BioCyc(https://biocyc.org)以及其他PGDB集合。本文提供了MetaCyc在过去两年中的最新发展,包括数据的扩展和新功能的添加。
甲烷是有机材料厌氧降解的最终产物,是一种有效的温室气体。大约,世界范围内甲烷排放的一半是由产甲烷的古细菌进行的。我们对与氢营养甲烷生成有关的酶感兴趣。在这里,我们报告了甲酰基-甲基呋辛脱氢酶 (Fwd) 和异二硫键还原酶/氢化酶复合物 (Hdr/Mvh) 的晶体结构。这些酶复合物参与产甲烷途径内铁氧还蛋白还原和CO2-reduction/固定的顺序反应。
甲烷是有机物质厌氧降解的最终产物,是一种强效温室气体。大约,全球一半的甲烷排放是由产甲烷古菌生物完成的。我们对参与氢营养甲烷生成的酶感兴趣。在此,我们报道了甲酰基甲呋喃脱氢酶(Fwd)和异二硫化物还原酶/氢化酶复合物(Hdr/Mvh)的晶体结构。这些酶复合物参与产甲烷途径中铁氧还蛋白还原和CO2还原/固定的顺序反应。