由于公共卫生指导和新的医学对策的结合，新冠肺炎的病例开始减少，卫生官员将需要转变策略来应对等待着的大流行：抗菌素耐药性。在美国，每年有近300万例病例和超过3.5万人的死亡归因于耐药性感染。令人遗憾的是，这场大流行可能会逆转最近在抗击AMR方面取得的进展。关于2020年2月至7月期间因新冠肺炎住院的美国人的新证据表明，超过一半的患者接受了至少一种药物的治疗，超过三分之一的患者接受了多种抗菌药治疗。如此高的抗菌药处方率与相关细菌性肺炎的低发生率(20%)不一致。电子健康记录分析表明，其中82%的处方是在入院时订购的-因此可能是在感染得到确认之前-这与预防AMR所需的管理做法背道而驰。全球也观察到了类似的趋势；例如，世界卫生组织(WHO)报告称，尽管抗菌药物合并感染率为15%，但欧洲75%的重症新冠肺炎患者仍在接受抗菌药治疗。
