PortEco:通过高通量数据和分析工具探索细菌生物学的资源

PortEco: A Resource for Exploring Bacterial Biology through High-Throughput Data and Analysis Tools

【作者】 Peter Karp

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PortEco(http://porteco.org)旨在收集、策划和提供数据和分析工具,以支持大肠杆菌(以及最终其他细菌系统)的基础生物学研究。PortEco被实现为一个“虚拟”模型生物体数据库,为用户提供单一的统一界面,同时集成来自各种来源的信息。PortEco的主要重点是广泛使用越来越多的大肠杆菌高通量实验,并通过EcoliWiki和GONUTS系统利用社区注释。目前,PortEco包括数百项全基因组RNA表达研究的精选数据,数百种注释条件下单基因敲除的高通量表型,数十种不同DNA结合因子的染色质免疫沉淀实验,以及深入了解蛋白质表达的核糖体图谱实验。条件已经用一致的词汇表进行了注释,数据也得到了一致的规范化,使用户能够找到、比较和解释相关实验。PortEco包括用于数据分析的工具,包括通过基因组浏览器进行聚类、富集分析和探索。PortEco搜索和数据分析工具与其姊妹网站EcoCyc的策划基因、代谢途径和调节内容广泛相关。

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