大肠杆菌K-12 MG1655基因组级代谢重建,包含1260个ORF和热力学信息

A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information

【作者】 Peter Karp

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提出了大肠杆菌K-12MG1655代谢网络的最新基因组规模重建。这一更新的代谢重建包括:(1)与EcoCyc的最新基因组注释和代谢内容的比对,导致包含1260个ORF的活性;(2)与E。coli和(3)所包含的化学反应的热力学信息。详细介绍了将这种代谢网络重建转化为计算机模型的过程。介绍了代谢重建过程中的一个新步骤,称为热力学一致性分析,其中检查反应与热力学可逆性估计的一致性。展示了基因组规模代谢模型预测高通量实验生长和基因缺失表型筛选能力的应用。使用这种新的重建增加了范围和计算能力,有望拓宽E。大肠杆菌代谢。

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